应用PCM和ABEEM／GBr4-SA模型计算二肽的溶剂化自由能

更新时间:2015-10-30

《辽宁师范大学学报（自然科学版）》2015年3期

【摘要】使用B3LYPl6-311++G(d，p)方法优化了极性的Gly、Ser、Cys、Asn、Gln和Thr二肽以及非极性的Ala、Pro、Val、Met、Leu、Ile、Phe和Trp二肽的结构，然后使用MP2laug-cc-pvdzlPCM方法分别计算了这些二肽在水、四氢呋喃、氯仿和四氯化碳溶剂中的溶剂化自由能，应用ABEEMa7r浮动电荷极化分子力场，在298 K、NVT系综下分别对这些二肽的水溶液进行分子动力学模拟，模拟了Ins后，计算骨架原子坐标与初始结构相比的均方根偏差，使用ABEEM／GBr4-SA模型计算这些=肽的溶剂可及表面积和溶剂化自由能，获得其溶剂可及表面积与自身原子数成正比，比较了ABEEM／GBr4SA模型所计算的氨基酸二肽分子的溶剂化自由能与从头算所获得的结果，两者有很好的线性关系，说明该模型和力场参数是合理的，可应用到这些氨基酸多肽的溶剂化自由能的研究中

【关键词】 ABEEMa7r浮动电荷极化分子力场二肽分子动力学模拟溶剂可及表面积溶剂化自由能